Распространение Covid-19 в учреждениях долгосрочного ухода в Англии
В юго-восточном регионе Англии в ноябре и декабре 2020 года, несмотря на меры по блокировке, стремительно росло число случаев инфицирования коронавирусным синдромом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (атипичная пневмония-2) и госпитализации больных коронавирусной болезнью 2019 года (Ковид-19)1,2. Более половины этих инфекций были связаны с отдельным филогенетическим кластером, который, по оценкам, является на 40-70% более трансмиссивным, чем предыдущие варианты, и является движущей силой роста числа инфекций по всей Англии3 . Учитывая избыток смертей, наблюдаемый в учреждениях по долгосрочному уходу во время пандемии, предотвращение дальнейшего распространения этого варианта, известного как B.1.1.7, в учреждения по долгосрочному уходу является одним из приоритетов общественного здравоохранения.
Была исследована доля инфекций SARS-CoV-2, вызванных этим вариантом в период с 5 октября по 17 декабря 2020 г. в медицинских учреждениях Англии, оказывающих долгосрочную помощь. Участники исследования были протестированы на атипичную пневмонию-2 путем обратно-транскриптографического анализа мазков носоглотки, собираемых еженедельно у персонала или ежемесячно у жителей лечебных учреждений.
ПЦР-пороговые значения (КТ), указывающие на вирусную нагрузку, были получены для каждой из трех генетических мишеней (S, N и ORF1ab) (см. Дополнительное приложение, с полным текстом этого письма можно ознакомиться на сайте NEJM.org). Вариант B.1.1.7 был идентифицирован в образцах с отказом генной мишени S на ПЦР (т.е. были обнаружены только ORF1ab и N). Отсутствие детектируемого гена S являлось маркером этого варианта с середины ноября 2020 г.1 Результаты ПЦР были связаны с демографическими данными, и процент образцов, которые были положительными для одной, двух или трех генетических мишеней, был построен с соответствующими медианными значениями КТ в соответствии с неделей, географическим регионом и возрастной группой.
Из 143 994 образцов, полученных от персонала и жителей учреждений долгосрочного ухода по всей Англии, 4442 (3,1%) были положительными, по крайней мере, на одну генную мишень на ПЦР-анализе. В целом за период с 16 ноября по 13 декабря общее количество и доля положительных образцов с отказом генной мишени S увеличились с 70 из 582 (12,0%) до 491 из 813 (60,4%), что связано со снижением медианных значений КТ (таблица S1 в Дополнительном приложении). За тот же период времени в юго-восточных и восточных регионах Англии и Лондона увеличилась доля образцов с дефектами генной мишени S (рис. 1). Например, в юго-восточном регионе доля увеличилась с 25,9% 16 ноября до 79,8% 13 декабря. К 7 декабря из 656 образцов (56,7%), полученных у взрослых моложе 65 лет, 372 образца (56,7%) и 119 из 157 образцов (75,8%), полученных у лиц в возрасте 65 лет и старше, имели дефект гена-мишени S (рис. S3). Данные секвенирования были получены только из двух образцов из учреждений долгосрочного ухода, и оба последовательных образца были B.1.1.7. В Англии в этот период от 90 до 100% секвенированных образцов с отказом гена-мишени S составляли B.1.1.7.
Вариант SARS-CoV-2 B.1.1.7 в настоящее время распространен во всех регионах Англии4 , и в ноябре и декабре 2020 г. он быстро распространился из населенных пунктов в учреждения долгосрочного ухода на юго-востоке и востоке Англии и в Лондоне. Появляющиеся данные свидетельствуют о том, что этот вариант может быть связан с ростом смертности5 . Необходимо обеспечить осуществление мер по борьбе с болезнями в целях предотвращения дальнейшего распространения этого высокотрансмиссивного варианта, особенно в учреждениях долгосрочного ухода.